Правящим архиереем в Саратове в послевоенные годы был известный пастырь двадцатого века Борис (Вик), о котором будущий протоиерей Иоанн Букоткин оставил самые добрые воспоминания. К сожалению, их знакомство не было долгим. 19 января 1949 года в Саратове по традиции состоялось торжественное освящение воды. Епископ Борис получил на богослужение разрешение райисполкома. На Волге подготовили проруби и поставили ограждение. По окончании освящения духовенство и большинство верующих вернулись в город. Однако оставшиеся несколько сотен человек устроили настоящие крещенские купания. В газете «Правда» появился фельетон «Саратовская купель». Кроме описания в оскорбительном тоне самого купания – «порнографическое действо», «глумление над людьми» и «обряд, продиктованный идиотизмом старой жизни», в фельетоне представители местных органов власти прямо обвинялись в содействии этому «дикому обряду».
За это владыке Борису велели в двадцать четыре часа покинуть Саратов. Ночью он приехал в семинарию, отслужил молебен и попрощался. Все плакали.
Здесь же, в Саратове, состоялось знакомство, влияние которого на всю жизнь отца Иоанна нельзя переоценить. На второй год его учёбы в семинарию приехал иеромонах Иоанн (Снычёв), будущий архиепископ Куйбышевский, а потом митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский. Между молодыми людьми сразу завязалась дружба.
После окончания семинарии в 1952 году состоялась священническая хиротония отца Иоанна. Рукополагал его тогдашний саратовский преосвященный архиепископ Филипп (Ставицкий), исповедник, проведший в ссылках много лет. Владыка относился к молодому священнику Иоанну по-отечески и взял его служить к себе, в Астрахань – главный город своей Астраханской и Саратовской епархии. Однако вскоре владыка Филипп умер, и после его кончины отец Иоанн прослужил в Астрахани совсем недолго.
Ему пришлось много постранствовать по разным епархиям, пока его не пригласил в Куйбышев, ставший правящим архиереем семинарский товарищ –владыка Иоанн (Снычёв). До конца своих дней батюшка служил в «Петропавловской церкви», которую очень полюбил. Владыка Иоанн так и звал его «отец Иоанн Петропавловский». Всего он прослужил в «Петропавловском храме» Самары около сорока лет, а последние годы был еще и духовником епархии.
Представился отец Иоанн накануне «дня Победы» 8 мая 2000 года. По благословению митрополита Самарского и Сызранского Сергия похоронили его на территории «Иверского женского монастыря». Во время отпевания отца Иоанна архиепископ Самарский и Сызранский Сергий сказал, что место его упокоения станет местом паломничества православных людей. Слова эти исполнились в полной мере!