В 1851 году была образована «Самарская губерния» и это явилось началом бурного развития города во второй половине XIX века. Разумеется, экономическое развитие не могло состояться без духовного возрастания и в том же году состоялось торжественное открытие «Самарской и Ставропольской епархии». В Самару прибыл первый епископ и начала формироваться полноценная епархиальная жизнь. Естественно, встал вопрос о собственном учебном заведении. В ту пору территория Российской империи была поделена на четыре крупных учебных округа духовного образования – Москва, Петербург, Киев и Казань. В этих городах были духовные академии. И вот именно из «Казанской духовной академии» осенью 1858 года в Самару были направлены профессора и преподаватели, которые составили ядро семинарии.
Первоначально у самарской семинарии не было своего достойного здания. На момент открытия учебное заведение располагалось в доме купца Лаптева напротив «Вознесенского собора». По плану Самары под семинарию был отведён участок в квартале, прилегающем к будущей «Соборной площади». Здание заложили в 1869 году и через три года построили. В день празднования «Покрова Пресвятой Богородицы» в центре верхнего этажа храм был освящен во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В церкви установили мраморный вызолоченный иконостас, иконы для которого были написаны в Палехе. Иконостас состоял из трех ярусов. В первом помещались иконы местного, во втором – изображения святых апостолов, а в третьем – ветхозаветных пророков.
В те времена семинария была сословным учебным заведением, дававшим, в основном детям духовенства, полноценное образование в разных областях знания, а не только в богословии. Практически выпускники семинарии получали один из лучших на тот момент уровень знаний. Достаточно сказать, что на высшем отделении они изучали не только догматическое богословие, каноническое право, общую церковную историю и историю Русской Церкви, но также немецкий и французский языки, медицину и сельское хозяйство.
За время своего существования до 1918 года, когда семинария была закрыта, было осуществлено более сорока выпусков. Среди выпускников – целый ряд архиереев, известные богословы, учёные, а также священники приходов, которые достойно несли Христово вероучение, просвещая и наставляя жителей Самарской и соседних губерний.
Сейчас здание бывшей духовной школы принадлежит «Самарскому техническому университету», а семинария с помощью Божьей возродилась в начале девяностых годов прошлого века и находится в другом историческом церковном здании Самары.